Pesantren sebagai lembaga pendidikan asli Indonesia dalam sejarah perjalanannya terbukti mampu menjadi benteng kokoh dalam menghadapi penjajahan, infiltrasi budaya asing yang mengancam kemerdekaan dan kepribadian bangsa.

Kontribusi Pesantren dalam membangun bangsa-negara telah ditunjukkan dalam berbagai bidang pengabdian, baik dalam bidang pendidikan, sosial, budaya, ekonomi, layanan masyarakat serta bidang lainnya.

Sejalan dengan arah dan perjuangannya, pesantren dan seluruh bangsa Indonesia dewasa ini dihadapkan pada sejumlah tantangan dan sekaligus peluang bagi dinamika dan perubahan yang didominasi oleh globalisasi, kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi.

Dengan berbagai keunggulan yang dimiliki pesantren, berpijak pada prinsip melestarikan capaian yang baik seraya melakukan perbaikan/peningkatan yang lebih unggul; maka Pesantren Krapyak senantiasa melakukan ikhtiyar dan inovasi dalam menyiapkan generasi yang lebih baik lagi.

Disadari akan pentingnya pendidikan yang unggul dalam iptek, serta kuat aqidah dan keimanannya dengan keseimbangan ilmu agama yang memadai; maka dihadirkanlah sekolah unggulan dengan formulasi sistem pesantren yang dibangun dengan kecerdasan hati, serta memaksimalkan segenap potensi kecerdasan manusia; sehingga diharapkan mampu melahirkan generasi unggul yang beriman kuat, berakhlak mulia, serta menguasai ilmu pengetahuan dan teknologi secara benar dan manfaat, cerdas dan shalih dalam bermasyarakat – berbangsa.